Vor dem 2. Weltkrieg befand sich die Apotheke des Kaiserswerther Marienkrankenhauses im Antonius-Haus und wurde von Sr. Armgard (Franziskaner-Orden von Aachen) geleitet. Nach dem Krieg ist die Apotheke dann, unter der Leitung von Frau Apothekerin Brinktrine, in das St. Anna-Haus umgezogen.

Ab 1982 wurde die Apotheke von Frau Apothekerin Ursula Haase geleitet. Zum 01.01.1983 erhielt die Apotheke dann die offizielle Betriebserlaubnis entsprechend dem Apothekengesetz (Novelle von 1980). Seit November 1989 befindet sich die Apotheke in den heutigen Räumlichkeiten gegenüber des Marienkrankenhauses Kaiserswerth. Alle bis dahin vorhandenen Arzneimittelausgabestellen wurden hierher verlagert. Von hier aus wurden zentral alle Stationen mit Medikamenten und später auch mit Medizinprodukten versorgt.

Mit Eröffnung der St. Mauritius Therapieklinik im Jahr 2000 wurden erste Versuche einer patientenorientierten Versorgung gestartet. Die Tabletten wurden von Hand unter pharmazeutischer Aufsicht in Tüten verpackt und patientenbezogen geliefert.

Im Jahr 2003 übernahm Herr Dr. Gery Schmitz die Leitung der Zentralapotheke. Durch die nun erfolgte Automatisierung der Medikamentenstellprozesse werden die Patienten vor möglichen unerwünschten Arzneimittelereignissen und Medikationsfehlern besser geschützt. Dies ist ein wichtiges Instrument in der Arzneimitteltherapiesicherheit! Es gilt, die Fehlerquellen möglichst gering zu halten. Eine elektronische Verordnung wird an den zuständigen Klinikapotheker per Datenübertragung weitergeleitet, dann verblistert ein  Unit-Dose-Automat die Tabletten und die Medikamente werden an die Station geliefert.

Nach der Gründung des VKKD erfolgt seit April 2004 auch die Versorgung des St. Vinzenz-Krankenhauses von Kaiserswerth aus.

Der Platz für die Apotheke wurde langsam knapp, deshalb wurde 2012 das Zentrallager für Medizinprodukte und Einmalartikel nach Ratingen ausgelagert.

Seit dem Juli 2012 ist das Marien Hospital Düsseldorf dem Verbund Katholischer Kliniken angeschlossen und wird seitdem auch durch unsere Krankenhausapotheke versorgt. Dazu wurde eine Zytostatika-Abteilung zur individuellen Herstellung der Krebsmedikamente neu aufgebaut.

Im Jahr 2016 startete ein großes Projekt: es wird in allen Häusern des Verbundes eine neue Medikations-Software eingeführt. Dabei werden die Medikamente, die der Patient von zuhause nimmt und die er im Krankenhaus zusätzlich bekommt, von den Ärzten und Apothekern eingegeben und geprüft. Anschließend werden sie maschinell in hygienischen Tütchen für jeden Patienten einzeln abgepackt und ausgeteilt. Ein großer Schritt für mehr Patientensicherheit!